ปัญหาสำคัญของระบบไฟล์ FAT32 คือ การไม่รองรับไฟล์ที่มีขนาดใหญ่กว่า 4GB ได้ ซึ่งปัญหานี้มีโอกาสเกิดกับผู้ที่มีไดรว์ DVD-RW หรือผู้ที่ทำงานด้านตัดต่อวิดีโอ เพราะคนกลุ่มนี้มีโอกาสสร้างไฟล์ขนาดใหญ่กว่า 4GB ดังนั้น หากตั้งใจว่าจะซื้อไดรว์ DVD-RW หรือต้องทำงานด้านการตัดต่อวิดีโอควรเปลี่ยนไปใช้ระบบไฟล์แบบ NTFS อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้
